Non sono sicuro di cosa stia causando questo, ma in questo caso la modifica del gestore con l'errore SQL più specifico potrebbe funzionare
DECLARE CONTINUE HANDLER FOR SQLSTATE '02000' SET updateDone = 1;
Potresti provare a modificare l'if e il fetch
IF updateDone =1 THEN
LEAVE doUpdate;
END IF;
FETCH updater INTO Id, Elm, ElmParent, Type, Processed, Country;
questo assicura che FETCH non venga eseguito nel caso in cui CONTINE HANDLER abbia già segnalato che sei fuori dai record.