Puoi apportare una semplice modifica alla tua richiesta:
SELECT t.id, t.tag, COUNT(*) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
tags t
ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY COUNT(*) DESC
LIMIT 20;
Presumibilmente, i vari ID sono NULL
quando non sono appropriati. Se, per qualche strano motivo, hai effettivamente memorizzato valori in tutti e tre gli ID per un determinato xrif, puoi fare:
SELECT t.id, t.tag,
(COUNT(story_id) + COUNT(discussion_id) + COUNT(article_id) ) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
tags t
ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY cnt DESC
LIMIT 20;