mysql_real_escape_string non è abbastanza buono?

Ragionamento dal nome del metodo queryAsArray , sembra che tu stia utilizzando questo DbBase class dai commenti della pagina di manuale delle funzioni MySQL . In tal caso, è la query metodo che rimuove il carattere di escape dalle virgolette con escape:

function query($sql, &$records = null){
    $sql = str_replace(array('\\"', "\\'"), array('"', "'"), $sql);
    // …
}

Allora non è un miracolo che il tuo esempio funzioni (l'ho semplificato):

$input = "', BAD SQL INJECTION --";

$sql = "SELECT '".mysql_real_escape_string($input)."'";
var_dump($sql);  // string(33) "SELECT '\', BAD SQL INJECTION --'"
//                      everything’s OK ↑

$sql = str_replace(array('\\"', "\\'"), array('"', "'"), $sql);
var_dump($sql);  // string(32) "SELECT '', BAD SQL INJECTION --'"
//                                Oops! ↑