Sono d'accordo con il suggerimento di @llion di impostare una scadenza per i cookie, nel qual caso puoi programma un processo per eliminare i cookie scaduti dai dB. Tuttavia, puoi farlo sembrare all'utente quasi come se i cookie fossero persistenti indefinitamente da allungando la propria vita ogni volta che li vedi.
A beneficio di tutti gli altri lettori interessati a questa domanda, spero davvero che tu stia solo memorizza hash del cookie nei tuoi dB.