Come riempire un valore vuoto quando nessun record in quel giorno utilizzando MySQL raggruppa per

Puoi usare un trucco per generare una tabella virtuale con tutte le date di cui hai bisogno con un'altra tabella (sostituisci aux con qualsiasi tabella nel tuo DB con almeno 31 registrati):

SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
FROM
    `aux`,
    (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
WHERE
    @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
LIMIT
    31

E poi unisciti al tuo tavolo:

SELECT
    `aux`.`d` as `Date`,
    SUM(IFNULL(`Clicks`, 0))AS `Clicks`,
    DAY(LAST_DAY(NOW())) AS `Monthdays`
FROM (
    SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
    FROM
        `aux`,
        (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
    WHERE
        @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
    LIMIT
        31
) aux
LEFT JOIN
    myTbl
    ON `Date` = `aux`.`d`
GROUP BY `aux`.`d`