Anche il driver mySQL JDBC è stato perfezionato per un lungo periodo e ha diverse ottimizzazioni di ottimizzazione, come la memorizzazione nella cache dei metadati. Sarei sorpreso dal fatto che gli sviluppatori JDBC avrebbero lasciato un sacco di sovraccarico TCP/IP nel driver.
Passare da JNI all'implementazione basata su C costerebbe probabilmente di più nel passare al codice nativo di quanto si possa ottenere da un sovraccarico TCP/IP ridotto.
Se vuoi davvero eliminare il sovraccarico TCP/IP, potresti prendere in considerazione l'utilizzo di un database incorporato come sqlite, derby o hypersonic.