Sebbene mysqldump sia la causa comunemente segnalata per questo, non è l'unica.
Nel mio caso, l'esecuzione di craft:migrate su qualsiasi database attiverà questo errore anche per database diversi sullo stesso server.
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=42041 Menziona i lock/flush della tabella che verrebbero chiamati in un mysqldump, quindi vale la pena controllare se ci sono migrazioni, lock o flush che si verificano contemporaneamente.
In caso contrario, prova a passare da prepara a emulato.
'options' => [
\PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => true
]
