Stavo guardando nel posto sbagliato! Il problema non proveniva dal corridore ma dal SONAR stesso. Ho dovuto cambiare il file di configurazione del sonar '/opt/sonar' e riavviarlo. Nella pagina delle impostazioni ora posso vedere che il sonar è in esecuzione su mysql. Sto affrontando un altro problema con il corridore, ma non è correlato al problema sopra.
Quindi fondamentalmente assicurati che sia SONAR che SONAR-RUNNER siano configurati per funzionare con mysql.
