Questa è una soluzione puramente php che sembra essere la soluzione più semplice da quella che sono riuscito a trovare finora.
$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
$process_id = $row["Id"];
if ($row["Time"] > 200 )
{
$sql="KILL {$process_id}";
mysql_query($sql);
}
}
Ed eseguendo questo da uno script CRON ogni 60 secondi.
Se qualcuno trova una soluzione migliore a questo problema, per favore fatemelo sapere