Questo sembra un caso di doppia codifica; Non ho molta esperienza con Python, ma provo a regolare le impostazioni di connessione MySQL secondo i consigli su http://tahpot.blogspot.com/2005/06/mysql-and-python-and-unicode.html
Quello che immagino stia succedendo è che la connessione è latin1, quindi MySQL tenta di codificare nuovamente la stringa prima di archiviarla nel campo UTF-8. Il codice lì, in particolare questo bit:
è probabilmente quello che vuoi.