In migrations/env.py file, troverai il codice responsabile di questo problema.
config.set_main_option('sqlalchemy.url',
current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI'))
Se sono presenti % accede a SQLALCHEMY_DATABASE_URI , questo causerà un errore.
Puoi risolvere questo problema modificando migrations/env.py file e modificando la riga incriminata come segue
db_url_escaped = current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI').replace('%', '%%')
config.set_main_option('sqlalchemy.url', db_url_escaped)
Vedi anche la documentazione di set_main_option :
