Sembra difficile. Non capisco perché 32000 - mysql si rifiuta di creare più database di quello? Che errore ricevi? Sembra arbitrario - forse questa è una variabile di configurazione che può essere modificata?
Poche possibilità. Puoi eseguire più di un server mysql , ognuno con una directory di dati diversa. Non credo che aiuterebbe, ma potresti esaminare il motore di archiviazione NDB, può gestire tablespace che potrebbe consentirti di archiviare i dati in più posizioni.