In mysql workbench la modalità provvisoria è abilitata per impostazione predefinita, quindi se il tuo WHERE la clausola non ha una chiave impedirà l'esecuzione della query. Prova a disabilitarlo seguendo questi passaggi -
Edit> Preferences> Sql Editor> uncheck the "Safe Updates"
Nota - prova a riconnettere il server (Query> Reconnect to Server ) e quindi eseguire nuovamente la query.