Ecco 3 possibilità:
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In primo luogo, i dati non sono mai arrivati al database. Qualcosa è successo altrove, quindi i dati sono scomparsi. Forse problemi di rete intermittenti, server sovraccarico, bug dell'applicazione.
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Una transazione del database non è stata confermata ed è stato eseguito il rollback. Forse un bug nel codice dell'applicazione, forse alcuni dati non validi hanno rovinato le cose, forse si è verificata un'eccezione di concorrenza ecc.
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Un bug in MySQL.
Per prima cosa guarderei 1. e 2.
