La CPU potrebbe essere alta a causa della query lenta.
MySQL non monitora la tua CPU, quindi avrai bisogno di uno strumento di monitoraggio di terze parti e confronti i tempi in cui la CPU è alta con i tempi in cui la query (che viene registrata) è in esecuzione.
Uso AWS, che ha un buon monitoraggio, e ricevo un avviso quando la CPU è alta, quindi posso pedinare il registro delle query lente e vedere quali lo stanno causando.
Spero che questo aiuti alcuni. Ma suppongo che la CPU sia alta a causa della query e non che la query sia lenta a causa della CPU. Solo un'ipotesi.