L'inserimento del file jar in $glassfish-v3-install-root/glassfish/lib si è rivelato corretto.
Il
"SEVERE: RAR5111 : Error casting to javax.sql.Datasource java.lang.ClassCastException: com.mysql.jdbc.Driver cannot be cast to javax.sql.DataSource"
l'errore è stato, credo, causato da un'impostazione errata per il pool jdbc sul server glassfish. Ma andando alla console di amministrazione, disponibile dalla scheda "server" di Netbeans, andando su "JDBC", "pool di connessione", seleziona "java.sql.driver" come tipo di risorsa e "com.mysql.jdbc.driver" poiché il nome della classe del driver eliminerà il problema del casting.
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