Ho anche dovuto passare a PyMySQL. Sto eseguendo pip 1.5.6, Python 2.7.8 e ho provato mysql-connector 2.0.1
Sono stato in grado di eseguire la query da Sequel Pro senza problemi, ma la mia query Python avrebbe fallito con l'errore descritto nella domanda dopo aver restituito solo un sottoinsieme di risultati.
Passato a PyMySQL e le cose funzionano come previsto.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
In virtualenv:
pip install pymysql
Nel codice:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Sicuramente un bug in mysql-connector-python.