Mi sono imbattuto in questo errore ed era dovuto a una negazione di SELinux. /usr/bin/httpd non disponeva dell'autorizzazione per connettersi alla porta 3306. Ho corretto il problema con:
setsebool httpd_can_network_connect_db on
Sembra funzionare alla grande e dovrebbe essere più sicuro della semplice disabilitazione di SELinux. Come Avinash Meetoo sottolinea di seguito, puoi utilizzare:
setsebool -P httpd_can_network_connect_db
Per fare in modo che la modifica a selinux persista durante i riavvii.