MySql può ignorare l'indice se l'indice comporta l'accesso a più del 30% delle righe della tabella. Potresti provare FORCE INDEX [nome_indice], utilizzerà in ogni caso l'indice.
Il valore di sysvar_max_seeks_for_key influisce anche sull'utilizzo o meno dell'indice:
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http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html#sysvar_max_seeks_for_key
Prova a modificare questo valore con un numero più piccolo.
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