Il problema è il formato dei tuoi dati json, che proviene dall'array $output (associativo). non vuoi quei "PER" dentro! prova a sostituire queste righe di codice:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
con questi:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
questo cambierà $output da un array associativo a un array standard di numeri interi.
e la riga di stampa aggiunge parentesi quadre aggiuntive attorno ai dati json, richiesti da jqplot.