Innanzitutto, solo per essere sicuri, il nuovo campo sarà un BIGINT
... corretto?
Puoi utilizzare il casting esplicito per evitare l'overflow?
SELECT CAST(TO_DAYS(Timestamp)*86400 + TIME_TO_SEC(Timestamp) AS UNSIGNED INTEGER)
O forse usa una stringa intermedia prima di popolare il nuovo BIGINT
campo?
SELECT CAST(TO_DAYS(Timestamp)*86400 + TIME_TO_SEC(Timestamp) AS UNSIGNED CHAR(11))