Il nuke_users module sta esportando una funzione che, quando viene chiamata, restituisce il Model . Poiché non stai chiamando questa funzione, non restituisce il Model , e quindi la funzione che stai cercando non esiste.
Per chiamare questa funzione esportata dovresti passare il sequelize istanza e DataTypes , così:
var User = require('../models/nuke_users')(sequelize, DataTypes);
Nel tuo caso stai usando un caricatore in index.js e sta esportando il db oggetto che contiene i modelli contrassegnati dal loro nome.
var models = require('../models'); // loads index.js
var User = models.nuke_user; // the model keyed by its name
User.findOne(...); // search the model