La domanda è vecchia, ma può essere utile per qualcuno.
Se loadClassMetada viene chiamato ogni volta, sembra che il problema sia nel tuo codice. Ma, suppongo, che i metadati siano memorizzati nella cache dalla dottrina. In tal caso puoi cambiarlo direttamente, guarda il seguente frammento di codice, dovrebbe funzionare:
<?php
class FooController extends Controller {
function fooAction() {
$em = $this->getDoctrine()->getEntityManager();
$cm = $em->getClassMetadata('FooBundle:FooEntity');
$cm->setTableName('special_table_name');
$repo = $em->getRepository('FooBundle:FooEntity');
$entities = $repo->createQueryBuilder('f')
->setMaxResults(1)
->orderBy('f.id', 'desc')
->getQuery()
->getResult();
return new Response('');
}
}