Abbiamo risolto questo problema semplicemente impostando useLocalSessionState=true nella stringa di connessione.
Il collegamento seguente spiega i dettagli delle modifiche relative alla sola lettura avvenute da Mysql5.6 e dal connettore java 5.1.23.http://dev.mysql.com/doc/relnotes/connector-j/en/news-5-1-23.html