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come ordinare la colonna varchar contenente valori numerici con linq lambdas in Entity

Puoi simulare PadLeft fisso in LINQ to Entities con la funzione canonica DbFunctions. Giusto così

invece di questo

a.price.PadLeft(10, '0')

usa questo

DbFunctions.Right("000000000" + a.price, 10)

Non l'ho testato con il provider MySql, ma funzioni canoniche definite in DbFunctions dovrebbero essere supportati da qualsiasi provider.