chrom_only è probabile che sia una cattiva selezione dell'indice per il tuo join poiché hai solo valori chrom 22.
Se ho interpretato bene, la query dovrebbe essere più veloce se si utilizza start_end
SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)
