Non puoi creare chiavi esterne in InnoDB tabelle che fanno riferimento a MyISAM tabelle.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/innodb-foreign-key-constraints.html
Quindi sì, dovrai applicare manualmente i vincoli dal codice dell'applicazione se non modifichi il motore di archiviazione.
LIKE '%XXX%' le ricerche non sono fulltext; a meno che tu non abbia effettivamente specificato un indice fulltext e utilizzi funzioni di corrispondenza fulltext, non è necessario utilizzare il motore MyISAM.
