È possibile modificare l'intera stringa. .
Intendo semplicemente usare la funzione str_replace
ad esempio
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
Quindi aggiorna semplicemente questa nuova stringa nella tabella del database. .