Secondo Precedenza dell'operatore per MySQL
AND
ha una precedenza maggiore di OR
.
QuindiC1 AND C2 OR C3
verrà trattato come (C1 AND C2) OR C3
Per ignorare la precedenza predefinita è necessario utilizzare le parentesi come:C1 AND (C2 OR C3)
Nel tuo caso la query giusta è:
SELECT name, sex, fur, color
FROM dogs
WHERE sex='male' AND fur='short' AND (color='black' OR size="big");