Il comportamento che hai mostrato sopra in 5.5 era in realtà un bug. Questo è stato risolto in 5.6.11. Consulta le note sulla versione 5.6 .11 proprio in fondo. Faceva parte dei bug 68472 e 16394472 (a cui in realtà non riesco a trovare un collegamento).
Se giri il explicit_defaults_for_timestamp
flag off, DOVREBBE funzionare come in 5.5
Questo era lo stesso identico problema che avevo con il nostro DB quando abbiamo aggiornato da 5.5 a 5.6.