Usa lsof -i TCP:3306 o netstat -lp | grep 3306 per scoprire cosa è già in ascolto sulla porta 3306, qualcosa deve essere in ascolto su di essa.
Potresti considerare di fissare il server su una porta diversa (modifica my.cnf e cambia la porta predefinita lì).
Potrebbe essere necessario eseguirlo come root, ad esempio sudo lsof -i TCP:3306
