Prova a utilizzare entityManager.createNativeQuery() . Non puoi usare createQuery() perché la tabella dovrebbe essere presente come entità nel codice Java. Inoltre, devi utilizzare il formato SQL esatto.
String query = "DELETE FROM USER_PHONE WHERE user_id=?1";
try{
Query q = entityManager.createNativeQuery(query);
q.setParameter(1,id);
q.executeUpdate();
System.out.println(System.currentTimeMillis() + " DELETE User_Phone: userId " + id + " ==> deleted");
} catch(Exception e){
e.printStackTrace();
return false;
}`
Per prima cosa elimina la riga da USER_PHONE (usando createNativeQuery() ), e poi da User (usando createQuery() )