Come leggo un , come
in PHP/MySQL?

Supponendo che non ci siano problemi con le citazioni CSV:

$newStr = str_replace( ',', '<br>', $string );

MODIFICA:

Dopo aver visto il tuo rollback, vedo che vuoi effettivamente sostituire il , con un newline carattere come \r , \n o \r\n :

$newStr = str_replace( ',', "\n", $string );