Puoi utilizzare DATE_FORMAT funzione nelle tue selezioni.
Per la data:
'%Y-%m-%d'
Per tempo:
'%H:%i:%s'
Quindi qualcosa come:
UPDATE `table`
SET `datetimecol` = CONCAT_WS(' ', DATE_FORMAT(`datecol`, '%Y-%m-%d'), DATE_FORMAT(`timecol`, '%H:%i:%s'))