Certo, dovrebbe essere risolvibile. Devi solo capire esattamente cosa fa mysql_real_escape_string. Credo che tu debba solo rimuovere tutte le barre che precedono immediatamente una CR, LF, TAB, virgolette singole, virgolette doppie, NUL o un'altra barra. Dovrebbe essere una correzione dell'espressione regolare di una riga.