Devi formattare la data in PHP in modo che sia nel formato desiderato da MySQL.
Prova questo:
$this->db->where('end_date >', date('Y-m-d H:i:s'));
Puoi anche utilizzare NOW()
per questo.
$this->db->where('end_date > NOW()', NULL, FALSE);
EDIT:se vuoi usare l'alias my_end_date
, puoi usare HAVING invece di WHERE.
$this->db->having('my_end_date > NOW()', NULL, FALSE);