Sei in grossi guai...
Di default ibdata1 contiene tutti i dati della tabella (e quindi va perso). Anche se lo configuri per utilizzare un file separato per tabella, tutti i dati interni di MySQL vengono archiviati in quel file e, per quanto ne so, non c'è modo di ripristinarlo.
Spero davvero che tu abbia un backup....
