Penso che tu possa fare quanto segue:
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Disabilita il controllo del vincolo della chiave esterna
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
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Tronca le tue tabelle
mysql> TRUNCATE MY_TABLE;
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Abilita il controllo del vincolo della chiave esterna
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
Preferisco disabilitare temporaneamente i vincoli della chiave esterna piuttosto che eliminarli/ricrearli.