Mysql
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Termina automaticamente le query di lunga durata (MySql), Apache Tomcat DataSource

L'opzione migliore per te è catturare le condizioni di ricerca che non possono essere eseguite.

In MySQL a partire dalla 5.7.8 è presente un impostazione del tempo_di_esecuzione_max .

Inoltre puoi creare uno script cron che controlla SHOW PROCESSLIST e gestisci le query che vengono elaborate più del tuo limite di tempo.