mysql ordine per problema

Puoi ordinare in base a un valore derivato da una colonna. Puoi utilizzare un CASE operatore per specificare l'ordine:

SELECT * FROM table
WHERE id IN (3,6,1,8,9)
ORDER BY CASE id WHEN 3 THEN 1
                 WHEN 6 THEN 2
                 WHEN 1 THEN 3
                 WHEN 8 THEN 4
                 WHEN 9 THEN 5
         END