Utilizzo dell'operatore EXCEPT su MySql 5.1

Per quanto ne so, MySQL non supporta EXCEPT operatore. Prova invece questo:

SELECT File_Name
FROM Words_DB
WHERE Word_Name=" . $element . "
AND File_Name NOT IN (
  SELECT File_Name 
  FROM Files_DB 
  WHERE Display=0
)

Puoi anche utilizzare un NOT EXISTS correlato o un LEFT JOIN . Dato che non uso molto MySQL, non posso dire quale funzioni meglio.