Non puoi avere due database ospitati sulla stessa porta TCP. Specifica invece le porte per ogni database nell'elenco separato da virgole:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Ho usato 3306 e 3307 qui, ma puoi usare tutte le porte che vuoi! Assicurati che il resto della configurazione di Container Engine consenta la comunicazione tra i nodi su queste porte (forse è vero per impostazione predefinita, non uso GKE).
La maggior parte dei driver mysql si connette alla porta 3306 per impostazione predefinita, ma ha un modo per specificare un'altra porta. Dovrai fare in modo che il tuo codice si connetta alla diversa porta che scegli per il secondo database.