Esiste una funzione per chiudere un'istruzione preparata da MySQL con PDO?

Per liberare il set di risultati puoi applicare il metodo PHP di base.

Se stai restituendo i risultati con PDOStatement::fetchAll() quindi dovresti unset() la variabile per cancellarla:

$variable = $stmt->fetchAll();

unset($variable);
// or:
$variable = null; 

Oppure PDOStatement::closeCursor() (Chiude il cursore, consentendo di eseguire nuovamente l'istruzione. ) può essere utile:

$success = $stmt->closeCursor();