Se sai per certo che gli elementi dell'array sono numerici:
$wpdb->prepare("SELECT id FROM table WHERE id IN ("
. implode(',',$array_of_ids) . ")");
Altrimenti, puoi usare il vsprintf
forma di prepare
per passare l'array di parametri:
$wpdb->prepare("SELECT id FROM table WHERE id IN ("
. str_repeat("%d,", count($array_of_ids)-1) . "%d)" , $array_of_ids);