Come hai configurato il tuo pool di connessioni? Se si tratta di un'origine dati del server, le proprietà come il test della connessione devono essere impostate nel server. Vedi http://docs.oracle.com/ cd/E21764_01/web.1111/e13737/ds_tuning.htm#i1199711 ad esempio le impostazioni.
Se si tratta di un pool EclipseLink, dovrebbe tentare automaticamente di riprovare le query quando rileva un errore di connessione per impostazione predefinita. Le proprietà che controllano il comportamento sono accessibili solo tramite API nella classe DatabasePlaform per il tuo database specifico e possono essere impostate tramite un personalizzatore come descritto qui:Come modificare il comportamento dei tentativi di connessione Eclipselink JPA 2.0