Qualunque cosa tu scelga, tieni presente che il codice breve non è sempre un codice ottimale. In molti casi, in cui hai una logica sufficientemente divergente, l'unione dei risultati è davvero l'opzione più ottimale (e talvolta più pulita, programmaticamente).
Detto questo, il seguente OR nella clausola WHERE sembra coprire entrambi i casi...
SELECT DISTINCT
shops.*,
DA.delivery_cost,
DA.postcode AS AreaPostcode
FROM
shops
INNER JOIN
shops_delivery_area as DA
ON (DA.shop_id = shops.id)
WHERE
(DA.postcode = "Liverpool")
OR
(DA.postcode = shops.postcode AND shops.location = "Liverpool")