È specifico per l'installazione, ma se hai /var/lib/mysql , allora:
- Le tabelle MyISAM verranno archiviate in singoli file in /var/lib/mysql/
databasename
/ - InnoDB risiede in /var/lib/mysql/ibdata (a meno che tu non abbia utilizzato l'impostazione innodb_per_table, nel qual caso è archiviato in modo molto simile alle tabelle MyISAM)