L'avviso emesso da mysqltuner.py è effettivamente rilevante anche se la tua cache non ha alcun rischio di essere scambiata. È ben spiegato di seguito:http://blogs.oracle.com/dlutz/entry/mysql_query_cache_sizing
Fondamentalmente MySQL impiega più tempo a pulire la cache, più grande è la cache e poiché la cache è molto volatile anche con carichi di scrittura moderati (le query vengono cancellate spesso), metterla troppo grande avrà un effetto negativo sulle prestazioni dell'applicazione. Modifica il query_cache_size e query_cache_limit per la tua applicazione, prova a trovare un punto di rottura in cui hai più hit per inserto, un numero basso di lowmem_prunes e tieni d'occhio il carico dei tuoi server di database mentre lo fai.
