La classe di caricamento file di CodeIgniter lo farà per te. La voce nella loro guida per l'utente spiega meglio che ho potuto, quindi ti indicherò lì.
In sostanza dovresti solo modificare il controller che hanno lì per includere un po 'in cui metti l'URL del file nel database, cosa che puoi realizzare facilmente usando $this->upload->data() ed estraendo [full_path] dall'array risultante e quindi inviandolo a un modello che gestisce l'input del database.
