Il problema in questione è che MySQL non può eseguire correttamente REGEX in combinazione con i caratteri Unicode. REGEX funziona sempre in base ai byte e Unicode deve raggruppare diversi byte. Non esiste una soluzione, solo soluzioni alternative.
Una soluzione alternativa che ho fatto è stata indicizzare ogni occorrenza di lettera con un'altra tabella e quindi eseguire controlli sull'indice anziché sul testo giapponese originale.